Das FFH-Gebiet Wisseler Dünen stimmt weitestgehend mit dem NSG Wisseler Dünen überein und hat eine Größe von 78,9 ha. Es repäsentiert einen für das Rheinland einzigartigen, im Mittelalter entstandenen Flussdünenkomplex mit charakteristischer Sandrasenvegetation. Die Pionierstadien der offenen Sandböden v. a. im Norden des Gebiets sind als Silbergrasfluren oder als Sand-Seggen-Gesellschaft ausgeprägt. In Bereichen mit geringer Humusbildung haben sich Schafschwingel-Rasen entwickelt, im Süden findet man auch großflächige Rotschwingelrasen. Der mittlere, eingeebnete Bereich wird überwiegend von Magerweiden eingenommen.

Die Wisseler Dünen stellen das einzige noch erhaltene, ausgedehnte Binnendünengebiet des gesamten linken Niederrheins dar. Auch für NRW ist es eines der bedeutendsten Gebiete dieses Lebensraumtyps.

Das zentrale Entwicklungsziel ist die Erhaltung der im Gebiet einzigartigen und letzten Rheinuferdünen mit ihren typisch ausgeprägten Dünenformen. Eine hohe Bedeutung kommt dabei den offenen Sandflächen zu, da viele konkurrenzschwache, einjährige Pflanzen, aber auch spezielle trockenheitsliebende Tierarten hieran gebunden sind. Die extensiv genutzten Magerweiden sind ebenfalls in ihrem Bestand zu sichern. Bereiche die stark vergrast, verbuscht oder eutrophiert sind, sollen durch geeignete Maßnahmen optimiert werden.