In Nordrhein-Westfalen ist die Trauerseeschwalbe vom Aussterben bedroht und brütet aktuell nur am Niederrhein im Naturschutzgebiet „Bienener Altrhein, Millinger Meer und Hurler Meer“. Der Bienener Altrhein ist dabei als Brutplatz schon seit Ende des 19. Jahrhunderts bekannt. Doch wie in ganz Mitteleuropa ging auch hier der Bestand nach den 50er Jahren des letzten Jahrhunderts, als fast 80 Brutpaare gezählt wurden, stark zurück. Die Ursachen sind vor allem in der Entwässerung von Feuchtgebieten und in der Gewässerverunreinigung zu suchen. Diese Faktoren führten aller Wahrscheinlichkeit nach am Bienener Altrhein zum Verschwinden der Krebsschere - einer als Nestunterlage für die Trauerseeschwalbe sehr bedeutsamen Schwimmpflanze. Das zusätzlich verschlechterte Nahrungsangebot sowie einige Nestplünderungen von spezialisierten Rabenkrähen Ende der 80er Jahre führten dazu, dass die Trauerseeschwalbe auch den Brutplatz am Bienener Altrhein zwischenzeitlich aufgab (siehe Grafik). Inzwischen brüten dank des Artenschutzprojektes des Naturschutzzentrums im Kreis Kleve e.V. wieder regelmäßig etwa 40-50 Brutpaare am Bienener Altrhein und am Millinger Meer.