Im Winter halten Fledermäuse einen Winterschlaf, um die insektenarme Zeit zu überstehen. Dabei wird die Körpertemperatur abgesenkt  und der Stoffwechsel und die Atmung extrem verlangsamt. Geeignete Quartiere sind deshalb kühl, frostfrei und sehr feucht, damit die kleinen Tierkörper in der langen Ruhephase nicht vertrocknen. Dies können natürliche Felshöhlen, Bunker, Stollen und Keller sein, für einige Arten kommen auch dicke Bäume mit alten Specht oder Faulhöhlen in Frage.

Im Sommer suchen die die Fledermäuse trockene und warme Quartiere auf, die je nach Art bis zu mehreren Hundert Kilometer vom Winterquartier entfernt sind. Man unterscheidet je nach Quartierwahl  baumbewohnende Arten (z.B. Abendsegler und Wasserfledermäuse) oder hausbewohnende Arten (z.B. Zwergfledermäuse und Breitflügelfledermäuse). Die Quartiernutzung an Gebäuden ist je nach Art unterschiedlich. Einige bevorzugen Ritzen und Spalten auf Dachböden, andere verstecken sich hinter Fassadenverkleidungen oder in Hohlräumen unter Dachpfannen. Dabei richten Fledermäuse keine Schäden an den Gebäuden an. Lediglich die trockenen Kotkrümelchen – übrigens ein hervorragender Blumendünger- verraten ihre Anwesenheit.

Die Tage verschlafen die Fledermäuse in ihren Quartieren, abends ab Sonnenuntergang gehen sie in insektenreichen Jagdrevieren auf Nahrungssuche. In den Sommerquartieren findet auch die sensible Zeit der Jungenaufzucht statt. Da Fledermäuse in der Regel nur ein Junges pro Jahr bekommen, ist ihr Überleben für die Arterhaltung enorm wichtig.